Ważniejsze edycje naukowe
Jakub Lubelczyk, Psałterz i kancjonał z melodiami drukowany w 1558 roku. Polish Psalter and Hymnbook with Melodies Printed in 1558, oprac. J. Gruchała i P. Poźniak, Kraków 2010
Abraham Rożniatowski, Pamiątka krwawej ofiary Pana naszego Jezusa Chrystusa, Warszawa 2004 (Biblioteka Pisarzy Staropolskich, t. 27)
Adam Jacek Pisarzowski, Poezje, oprac. i wstęp J. S. Gruchała i W. Urban, Kraków 1998 [de facto 1999] (Bibliotheca Iagellonica. Fontes et Studia, t. 8)
Biernat z Lublina, Ezop, oprac. J. Gruchała, wstęp S. Grzeszczuk, Kraków 1997 (Biblioteka Polska)
Mikołaj Sęp Szarzyński, Poezje, oprac. i wstęp J. S. Gruchała, Kraków 1997 (Biblioteka Polska)
Prace redakcyjne
Nad spuścizną Piotra Skargi, pod red. J. S. Gruchały, Kraków 2012
Profesor z Komborni. Stanisław Pigoń w czterdziestą rocznicę śmierci, pod red. K. Fiołka, red. nauk. F. Ziejka, Cz. Kłak, J. Gruchała, Kraków 2010
Silva rerum philologicarum. Studia ofiarowane Profesor Marii Strycharskiej-Brzezinie z okazji Jej jubileuszu, pod red. J. S. Gruchały i H. Kurek, Kraków 2010 (Biblioteka „LingVariów”, t. 10)
Lektury polonistyczne. Oświecenie – romantyzm, t. 1, pod red. A. Borowskiego i J. Gruchały, Kraków 1996
(red.) Lektury polonistyczne. Średniowiecze – renesans – barok, pod red. A. Borowskiego i J. S. Gruchały, t. 1: Kraków 1992, 1994–1995, 1997, t. 2: Kraków 1993, 1997, t. 3: Kraków 1999
Wybrane publikacje
Janusz Gruchała, Iucunda familia librorum. Humaniści renesansowi w świecie książki, Kraków 2002
Janusz Gruchała, „Aratus” Jana Kochanowskiego – warsztat filologiczny poety, Kraków 1989,
168 s. (Zeszyty Naukowe Uniwersytetu Jagiellońskiego 933. Prace Historycznoliterackie, z. 71)
Janusz Gruchała, Mikołaj Sęp Szarzyński, Wrocław 1987 (Nauka dla Wszystkich, nr 401)
Janusz Gruchała, Polska renesansowa filologia humanistyczna. Filologowie polscy czasów renesansu wobec problemów tekstu i języka, [w:] Humanizm i filologia, pod red. A. Karpińskiego, Warszawa 2011, s. 69–99 (Humanizm. Idee, nurty i paradygmaty humanistyczne w kulturze polskiej. Syntezy, t. 7)
Janusz Gruchała, Wirtualny wydawca i użytkownik edycji elektronicznej, [w:] Europejski kanon literacki, pod red. E. Wichrowskiej, Warszawa 2011, s. 276–282
Janusz Gruchała, Z doświadczeń edytora poezji i prozy staropolskiej, [w:] Teoria i praktyka edycji nowożytnych źródeł w Polsce (XVI–XVIII w.), pod red. A. Perłakowskiego, Kraków 2011, s. 31–43 (Studia Edytorskie, t. 1)
Janusz Gruchała, Grzesznik przed Bogiem. Wyznania pokutne w polskich tłumaczeniach „Psałterza” w XVI wieku, [w:] Via pulchritudinis. Wątki biblijne w literaturze i kulturze polskiej, pod red. A. Gorzkowskiego, Ł. Kamykowskiego i K. Panusia, Kraków 2010 [de facto 2011], s. 95–113
Janusz Gruchała, Latin Poetry written by Polish Jesuits in the seventeenth Century: from Horatian Parody to Elogium, [w:] Motiejus Kazimieras Sarbievijus Lietuvos, Lenkijos, Europos kulturoje. Mathias Casimirus Sarbievius in cultura Lithuaniae, Poloniae, Europae. Materies conventus scientifici internationalis anniversario quadringentesimo a die natali Poetae dedicati, 19–21 Octobris, A. D. MCMXCV, Vilnius 1998, s. 175–193
Janusz Gruchała, Das humanistische lateinische Buch in Polen bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts, [w:] Der polnische Humanismus und die europaeischen Sodalitaeten. Akten des polnisch-deutschen Symposions vom 15.–19. Mai 1996 im Collegium Maius der Universitaet Krakau, hrsg. von St. Fussel und J. Pirożyński, Wiesbaden 1997, s. 101–110 (Pirckheimer Jahrbuch fur Renaissance- und Humanismusforschung, Bd. 12)
Janusz Gruchała, Wacława Potockiego „Nagrobki różnych stanów i kondycyj ludziom”, „Biuletyn Biblioteki Jagiellońskiej”, XLII: 1992 (cz. I), XLIII: 1993 (cz. II), s. 45–78 (cz. I), s. 91–137 (cz. II)
Pełna lista publikacji
Pełna lista publikacji prof. dr hab. Janusza Gruchały